En 1998, Tsunku decidió sacar un nuevo grupo con un sonido diferente, al igual que con Morning Musume, realizó audiciones en busca de miembros, sin embargo, esta vez fué en Hawaii y, tambien, como parte de un programa de televisión. Las cinco afortunadas fueron Ayaka Kimura, Mika Todd, April Babaran, Chelsea Ching y Danielle Delaunay.

En enero de 1999 su primer single, Halation Summer, ya estaba a la venta e incluía una versión en inglés de Summer Night Town que tubieron que cantar delante de Morning Musume en el programa Asayan para demostrar su valía como grupo.

Sin embargo, el nuevo milenio propició cambios en el grupo, April y Chelsea decidieron volver a su vida estudiantil en Hawaii así que Tsunku repitió audiciones de las cuales salió ganadora Lehua Sandbo. A principios del 2001, sin embargo, Danielle se graduó del grupo para volver a las islas de Hawaii, donde formó parte del grupo musical Crazy Fingers durante una temporada.

Coincidiendo con ese momento, Mika empezó a estar ocupada con su incorporacion en Minimoni así como Ayaka también andaba atareada en sus apariciones en programas de TV, Coconuts Musume quedó en segundo plano, hasta que ya empezado el 2002, Lehua abandonó el grupo para dedicarse a sus estudios y trabajar como modelo. Desde entonces Coconuts Musume es un duo. En el 2003, Ayaka entró a formar parte del grupo Petit Moni y Mika pasó a ser la líder de Minimoni. Ayaka y Mika participaron en todas en las giras del Hello! Project como Coconuts Musume, cantando, generalmente, versiones en inglés de algunas de las canciones producidas por Tsunku.

En el 2004, Mika anunció su graduación del Hello! Project para seguir su carrera en solitario como cantante de jazz, por lo que Ayaka se ha quedado sola con el grupo, que ahora es conocido como Coconuts Musume Ayaka.