Tras la entrada de la cuarta generación de miembros en Morning Musume, Mari Yaguchi empezó a tener cierta química con las, por aquel entonces, benjaminas del grupo: Ai Kago y Nozomi Tsuji. Las tres medían menos de 150 cm asi que decidió formar el clan Minimoni. Originalmente hacían numeros humorísticos en los programas de TV en los que aparecían Morning Musume pero con el tiempo la cosa fue a más y Tsunku decidió producirlas como grupo de música incluyendo a, la también bajita, Mika Todd de Coconuts Musume. Tsunku, obviamente, decidió aumentar el público objetivo y acerto de lleno en dirigir las canciones a los pequeños de los hogares nipones.

La grabación de Jankenpyon supuso un éxito y desencadenó un enorme fenómeno de merchandising infantil: anime, manga, videojuegos, material escolar, videojuegos, muñecas, pastelitos... y un sin fin de articulos. Finalmente, en navidades de 2002 se produjo estreno de su primera pélicula en la cual hacia aparición Ai Takahashi, nuevo miembro de Minimoni por asignación de Tsunku tras el anuncio de la graduación de Mari Yaguchi del grupo durante el verano previo, una retirada que se hizo efectiva en marzo del 2003 justo, antes del inicio de la nueva gira de Morning Musume, la Non Stop! Tour. A partir de ese momento Mika Todd se hizo cargo del liderato del grupo.

Sin embrago, cuendo Mika Todd anunció su graduación del Hello! Project durante el 2004, Tsunku decidió pausar la actividad del grupo indefinidamente, y así estamos hasta ahora.